Les zoonoses constituent plus des deux tiers des pathologies virales qui concernent l’homme. Dans un monde en perpétuel changement, où les contacts entre l’homme et la nature sont de plus en plus fréquents, les cas d’émergence et de ré-émergence de virus zoonotiques sont rapportés de manière croissante chez l’homme. Du fait de nombreux facteurs intrinsèques et extérieurs à l’agent infectieux, la prédiction des futures émergences de virus zoonotiques est très compliquée, voire utopique, mais elle reste un challenge crucial et d’actualité. Le développement et la démocratisation des outils de séquençage à haut débit et leur application en métagénomique en font de bons outils d’inventaire et de surveillance de virus potentiellement émergents. La stratégie de réalisation d’inventaires des communautés virales présentes dans les différents acteurs des cycles de transmission zoonotique (animaux réservoirs, vecteurs arthropodes) est un premier pas indispensable dans la connaissance des risques potentiels d’émergence en population humaine. Dans cette revue, nous présentons un résumé rapide des notions d’émergence et de zoonoses avant de faire le point sur les outils disponibles de détection de virus zoonotiques ainsi que les avantages et les contraintes de leur utilisation dans la prédiction des émergences.