Les virus ont avec leurs hôtes des interactions très fortes, que ce soit au niveau physiologique ou écologique, se traduisant le plus souvent par une très forte spécificité. Il est donc tentant de penser qu’ils évoluent de conserve et que les virus peuvent pratiquement être considérés comme des caractères de leurs hôtes. Cependant, la cospéciation entre les virus et leurs hôtes, c’est-à-dire le degré auquel leurs arbres phylogénétiques sont similaires, a encore fait l’objet de relativement peu d’études malgré un domaine de recherche très dynamique. Les concepts et méthodes principales pour étudier ces patrons de cospéciation, ou plus généralement la cophylogénie, sont exposés ici. Leur utilisation dans des systèmes hôte-virus montre que contrairement à ce qui est souvent présupposé, l’histoire évolutive conjointe des virus et de leurs hôtes est souvent complexe. Sans une étude cophylogénétique rigoureuse, il est ainsi extrêmement hasardeux de calquer l’histoire évolutive des virus sur celle de leurs hôtes.