Les papillomavirus humains à haut risque (HPV-HR) sont les agents infectieux les plus carcinogènes responsables, entre autres, du cancer du col de l’utérus. La description de l’histoire naturelle de l’infection et de la carcinogenèse virale a conduit à l’étude de marqueurs viraux que sont le génotype, la charge virale, l’intégration, l’expression des transcrits E6/E7 et la méthylation du génome viral, au cours de l’évolution des lésions du col de l’utérus, à partir de prélèvements cliniques. S’attachant surtout à HPV16, les données de la littérature s’accordent sur une augmentation de la charge virale, de la proportion d’échantillons abritant des génomes intégrés et de la méthylation des CpG localisés dans le gène viral L1 avec la sévérité des lésions. La charge virale et la méthylation de L1 semblent particulièrement intéressantes pour la pratique clinique puisque des valeurs seuils permettent d’identifier des lésions précancéreuses avec une spécificité élevée. Si la détection des transcrits E6/E7 des HPV-HR présente une spécificité accrue pour l’identification des lésions précancéreuses comparativement à la détection d’ADN viral, la quantification des niveaux de transcrits à partir de frottis cervico-utérins semble difficile à mettre en œuvre. Ainsi, les travaux menés jusqu’alors mettent en évidence des biomarqueurs prometteurs qui pourraient, à terme, être intégrés dans les algorithmes de dépistage.