À l'aide de disques de bile, vancomycine, kanamycine et colistine, l'identification présomptive des bacilles à Gram négatif anaérobies permet de distinguer aisément les Bacteroides du groupe fragilis, Prevotella, Porphyromonas, Fusobacterium et Bilophila. L'identification définitive est obtenue à l'aide de galeries d'identification rapide, qui donnent d'assez bon résultats à condition d'avoir effectué simultanément l'étape précédente. Toutes les espèces ne sont pas répertoriées dans les catalogues, en particulier les nouvelles espèces qui sont le plus souvent d'origine dentaire.