La bactériologie de l’environnement, ou bactériologie d’environnement, est une sous-spécialité de la microbiologie d’environnement et un outil de gestion de la fraction bactériologique des risques biologiques. Dans un établissement de soins, son objectif est, entre autres, d’identifier les réservoirs et/ou les sources potentielles des bactéries d’intérêt, d’étudier les activités biologiques, la dissémination et la persistance des bactéries ou de leurs éléments génétiques mobiles dans un environnement, la formation des biofilms et la réactivité avec des composés inorganiques, d’estimer le risque/opportunité associé à ces bactéries ainsi qu’à leurs éléments génétiques mobiles, de sélectionner les procédures et les méthodes de surveillance des bactéries du microbiote ou flore microbienne environnementale afin de permettre la mise en place de solutions techniques et/ou technologiques appropriées en vue de prévenir les transferts de contamination entre humains, animaux et environnement.En dehors de l’évaluation du risque de biocontamination, la bactériologie d’environnement, comme la microbiologie d'environnement toute entière, est un outil d’évaluation des opportunités associées à la biotechnologie et au développement durable.La mise en œuvre de la bactériologie d’environnement exige des compétences humaines, une organisation pragmatique dans un écrin de démarche qualité aboutie et un financementad hoc.