Le terme « bactéries anaérobies » recouvre de nombreuses espèces phylogénétiquement très différentes. Ainsi, si on retrouve quelques résistances naturelles communes, chaque espèce présente des résistances naturelles et une épidémiologie de la résistance différente qu'il faut connaître pour orienter les médecins vers des antibiothérapies efficaces. Les résistances acquises peuvent toucher la majorité des molécules utilisées dans les infections à anaérobies, même si dans la majorité des cas les souches restent fréquemment sensibles aux associations pénicilline inhibiteur de béta-lactamase (et notamment à la pipéracilline tazobactam), aux carbapénèmes et au métronidazole. Cependant, la mise en évidence de souches multirésistantes parmi lesBacteroidesdu groupefragilis, très fréquemment impliqué dans les infections, les échecs cliniques associés à ces souches, et l'évolution des résistances pour certains antibiotiques, montre que, comme pour les entérobactéries au cours des dernières décennies, la situation est en train de changer. Il est donc essentiel de tester la sensibilité des souches isolées dans les situations cliniques critiques et pour les espèces les plus pourvoyeuses de résistance. Pour les souches les plus résistantes, l'utilisation d'autres classes antibiotiques (oxazolidinones, nouvelles cyclines) devra alors être envisagée.