Comme tout acte médical, la transfusion sanguine doit faire l'objet d'une analyse du rapport bénéfices/risques pour chaque patient. La prescription d'un protocole de transfusion autologue ne déroge pas à cette règle. Les bénéfices attendus d'une transfusion autologue programmée sont la réduction des risques liés à la transfusion homologue. Ils sont indiscutables dans le domaine de l'allo-immunisation érythrocytaire, et celui de la transmission d'infections virales ou parasitaires. Mais les risques liés à ces protocoles sont souvent sous-estimés. Ils existent pour le patient et sont alors liés à la transfusion des produits sanguins labiles autologues (hémolyse, infections bactériennes), ou aux conséquences des prélèvements de sang total (intolérance cardiovasculaire, augmentation du recours à la transfusion, augmentation du saignement opératoire). Des risques existent aussi pour la collectivité des patients, dès lors que circulent dans les établissements de soins des produits sanguins autologues ne répondant pas aux mêmes critères de qualification clinique et biologique que les produits sanguins homologues.