Après réception des examens microbiologiques, plusieurs éléments sont à prendre en compte : les résultats microbiologiques eux-mêmes, la gravité de l'état du patient, la présence ou le retrait du cathéter veineux central. Les recommandations de traitement françaises et américaines sont très différentes surtout concernant les staphylocoques à coagulase négative. Pour les infections à staphylocoque doré, l'ablation du cathéter et un traitement antibiotique sont recommandés par tous les experts. À l'opposé, Il n'y a aucune recommandation précise ni aucune étude, sur les entérobactéries et lesPseudomonas. Enfin, pour les infections àCandida, les experts proposent d'enlever le cathéter et de faire un traitement antifongique.