Le suivi post-thérapeutique d'une borréliose de Lyme repose, d'une part sur les données cliniques et d'autre part, sur la sérologie. Les caractéristiques de l'évolution du taux des anticorps sont telles qu'elles ne constituent pas prioritairement le meilleur élément pour ce suivi. En effet, après parfois une augmentation transitoire de ce taux au cours ou au décours du traitement antibiotique lui-même, la régression de ces données se fait de façon très lente sur plusieurs mois et souvent de façon incomplète. Le meilleur suivi repose donc sur l'évolution de la symptomatologie clinique et sa résolution complète. Une amélioration qui ne serait que partielle de la symptomatologie doit faire discuter au moins deux éventualités. La première est celle d'un traitement antibiotique complémentaire qui devrait alors faire appel à un antibiotique dont le mode d'action serait différent du premier antibiotique utilisé. La deuxième éventualité est celle d'une recontamination, notamment dans les zones de forte endémicité, sachant que les anticorps présents ne sont pas protecteurs. Un nouveau traitement antibiotique doit bien entendu être proposé.