Le nombre important des maladies infectieuses et la multiplicité des traitements antibiotiques disponibles suggèrent de disposer d'analyses prenant en compte tous les critères de prescription. Si l'évaluation pharmacoéconomique des stratégies antibiotiques est utilisée comme aide à la décision comme toutes les autres aires thérapeutiques, les implications écologiques des traitements pour l'individu et la société induisent des coûts et des conséquences qui doivent être appréciés. Les diverses modalités de calcul des coûts et l'intégration d'éléments incertains dans les calculs suggèrent d'étudier la robustesse des résultats. Chaque méthode employée s'inscrit dans un cadre d'hypothèses qu'il convient de rappeler et de confirmer par l'expérimentation. Le développement de la pharmacoéconomie comme outil d'aide à la décision permet au thérapeute de proposer la bonne stratégie antibiotique, au bon patient, au bon moment.