Le syndrome de la mort inattendue du nourrisson (MIN) est défini selon la Haute Autorité de santé (HAS) comme « une mort survenant brutalement chez un nourrisson alors que rien, dans ses antécédents connus, ne pouvait le laisser prévoir ». Il s’agit d’un diagnostic d’exclusion. Il existe de grandes disparités interrégionales tant d’un point de vue épidémiologique que dans la prise en charge des MIN malgré les recommandations professionnelles établies par la HAS en février 2007. Pour l’examen de l’encéphale, les consignes de la HAS sont peu adaptées à la pratique courante et de recherche. Le rôle du pathologiste, comme tout intervenant dans le cadre des MIN, est d’éliminer un traumatisme en particulier en lien avec une maltraitance et de déterminer la cause du décès. Les lésions neuropathologiques majeures par définition n’existent pas. Les lésions d’hypoxie/ischémie sont les plus fréquentes et sont peu spécifiques. L’accessibilité de l’immunomarquage anti-APP a permis de souligner le rôle de l’anoxie dans l’apparition des lésions axonales diffuses. De nombreuses études recherchent un substratum neurologique de la MIN (neuropathologiques et/ou neurobiochimiques). Cet article a pour objectif de définir un protocole de prélèvement détaillé à partir de consensus étrangers et des données actuelles de la science afin d’aider les anatomopathologistes et de favoriser une banque de données homogènes en France.