Le traitement du glaucome congénital repose sur la chirurgie, initialement non pénétrante puis pénétrante. D′abord simple, la trabeculectomie peut ensuite être augmentée, par une sclérectomie profonde, une application de mitomycine concentrée et une iridencleisis. Cette alternative chirurgicale consiste en un volet conjonctival en « L » suivi d′un volet scléral superficiel puis profond, avec application de mitomycine. Une trabeculectomie est ensuite réalisée dans la sclerectomie profonde. L′iris est descendu, associé à une iridotomie en « fer à cheval », et suturé dans la sclerectomie profonde. Enfin, la suture du volet doit être très serrée et la chambre antérieure remplie d′un produit visco-élastique. En post-opératoire, des corticoïdes peuvent être utilisés (PIO < 10 mmHg) puis des AINS (PIO > 14 mmHg) pendant plusieurs semaines. Si besoin, un bêta-bloquant ou l′acétazolamide peut être prescrit temporairement pendant la période hypertensive.