L’approche réductionniste est prédominante dans la recherche en nutrition, expliquant les mécanismes à la base de l’action des nutriments et augmentant l’espérance de vie. Pourtant, les pathologies associées à l’alimentation, épidémies d’obésité et de diabète, croissent chaque année, conduisant à une réduction de l’espérance de vie en bonne santé. Les interactions qui sous-tendent la relation nutrition–santé ne peuvent être modélisées sur la base d’une relation de cause à effet linéaire entre un composé et un effet physiologique mais plutôt selon des relations non linéaires multi-causales. Expliquer l’ensemble à partir du particulier par une approche réductionniste est limité. Examiner les questions complexes par une vue holistique avant d’aborder une question spécifique devient nécessaire. Mais les deux approches se renforcent mutuellement. Dans cet article sont examinées les conséquences de l’application d’une approche réductionniste versus holistique sur la recherche en nutrition vis-à-vis de la durabilité environnementale, la sélection génétique, la biodiversité, la transformation des aliments et la physiologie.