Pendant des siècles, le thymus a été considéré comme un organe vestigial, et son rôle dans la différenciation des lymphocytes T n’a été proposé que dans les années 1960. Les plus récentes recherches lui attribuent un rôle unique dans la programmation de la tolérance immunitaire centrale. Le mécanisme en est la transcription dans l’épithélium thymique de gènes codant des précurseurs d’antigènes du soi. Leur apprêtement aboutit à la présentation d’antigènes du soi par le complexe majeur d’histocompatibilité (CMH) exprimé par les cellules épithéliales et dendritiques thymiques. Pendant la vie fœtale, cette présentation permet la sélection négative des clones de lymphocytes T portant des récepteurs (TCR) de haute affinité pour les complexes CMH/antigène du soi. Après la naissance, cette présentation promeut, de plus, la sélection de lymphocytes T régulateurs spécifiques de ces complexes. De nombreuses études, de même que l’identification des gènes Aire et Fezf2, ont montré qu’une défaillance du thymus joue un rôle crucial dans le développement de l’auto-immunité spécifique d’organes.