La reproduction des analyses bio-informatiques de routine est difficile en raison d’une combinaison de facteurs difficiles à contrôler. Nextflow est un gestionnaire de flux (workflow manager) qui utilise la technologie des conteneurs pour assurer un déploiement et une reproductibilité efficace des pipelines d’analyse computationnelle. Les pipelines tiers peuvent être portés dans Nextflow avec un recodage minimum. Nous montrons ici à l’aide d’exemples concrets comment la quantification des niveaux d’expression, l’annotation de génomes et la reconstruction de phylogénie peuvent se révéler non reproductibles lorsqu’elles sont réalisées sur des plates-formes UNIX différentes, alors qu’elles deviennent stables lorsqu’elles sont déployées dans Nextflow. Nextflow est disponible sur www.nextflow.io.