Deux concepts importants soulignent l’anatomie fonctionnelle de l’anxiété. Le premier concept implique un système particulier pour chaque type d’anxiété. Ceci inclut le système de défense et le système d’inhibition comportemental ainsi que d’autres systèmes responsables d’autres phénomènes. Le deuxième concept implique une organisation en différents niveaux des circuits neuronaux de l’anxiété. Par exemple, les réponses automatiques simples sont médiées par des structures inférieures comme la PAG, le locus coeruleus ou l’hypothalamus alors que ce sont des structures intermédiaires (amygdale et système septo-hippocampique) qui permettent l’apparition de réponses plus élaborées. Les régions corticales plus hautes (cortex paralimbique) seraient impliquées dans des situations impliquant des composantes plus cognitives. L’amygdale possède de nombreuses connexions avec le cortex, le thalamus, ainsi que d’autres structures limbiques et le locus coeruleus, se projetant vers le striatum, le mésencéphale et le tronc cérébral pour contrôler des réponses à des stimuli aversifs.