À Yaoundé (Cameroun), l’insuffisance d’eau potable de distribution publique oblige bon nombre d’habitants au recours aux eaux de sources et de puits. Une étude microbiologique a été conduite sur cinq points d’eau de sources et dix points d’eau de puits. Les quinze sites d’étude ont été choisis dans différentes localités, sur la base de leur répartition spatiale et de leur importance relative pour les populations utilisatrices. L’isolement des micro-organismes s’est fait sur les milieux de culture sélectifs, selon la technique des membranes filtrantes.Les résultats montrent que ces eaux hébergent de nombreuses communautés bactériennes parmi lesquelles Pseudomonas aeruginosa, Aeromonas hydrophila, et les germes indicateurs de contamination fécale. Les densités annuelles maximales subissent des fluctuations spatio-temporelles et varient de 75 à 9 800, de 4 à 7 800 et de 30 à 5 800 UFC/100 ml d’eau respectivement pour P. aeruginosa, A. hydrophila et les bactéries indicatrices de pollution fécale. Les densités des bio-indicateurs sont fortement liées (p <\; 0,01) à l’abondance de P. aeruginosa dans les eaux de sources et à l’abondance de A. hydrophila dans les eaux de puits. L’origine de la pollution fécale de ces points d’eau varie selon les sites et peut être humaine, animale ou mixte. Vu la forte densité des bactéries présentes, les consommateurs de ces eaux s’exposent à des risques sanitaires à court terme.