L'analyse des données disponibles ne permet pas de confirmer la crainte « théorique qu'une vaccination puisse entrainer une activation ou révéler une maladie auto-immune. Chez l'immunodéprimé, toute décision de vaccination doit reposer sur l'évaluation du rapport bénéfice/risques. Pour les vaccins à germes vivants atténués les risques d'effets secondaires, bien que probablement peu importants, apparaissent supérieurs au risque de moindre efficacité et justifient leur contre-indication et ce d'autant plus que l'immuno-dépression est profonde. Pour les vaccins à germes tués, les complications postvaccinales ne sont pas à craindre. Le problème est celui d'une efficacité vaccinale diminuée, ce qui pourrait justifier une modification des schémas vaccinaux avec augmentation des doses ou du nombre des injections. Au cours de l'infection par le VIH le risque d'une augmentation de la charge virale doit être également pris en compte. Dans les pays en développement, le haut niveau de prévalence des maladies cibles (rougeole, poliomyélite, tuberculose...) et la rareté des complications postvaccinales justifient que certains vaccins à germes vivants atténués soient utilisés chez les enfants infectés par VIH.