L'isolement de cellules souches embryonnaires de souris (cellules ES) capables de coloniser la lignée germinale d'un embryon en cours de développement a ouvert de nouveaux horizons à la recherche génétique sur l'embryologie, la physiologie et la pathologie de cet animal. Il est maintenant possible grâce à des recombinaisons homologues dans les cellules ES d'introduire des mutations dans un gène quelconque, du moment qu'il a été cloné. Cette technique autorise la création de mutations nulles ou plus subtiles. De plus, des méthodes permettant d'obtenir des mutations conditionnelles sont en cours de développement. L'ensemble de ces méthodes représente un outil d'une grande puissance pour l'étude de la fonction des gènes in vivo, et devraient aussi permettre de créer des modèles murins de maladies génétiques.