Chez l'immunodéprimé, toute décision de vaccination doit reposer sur l'évaluation du rapport bénéfice/risques. Pour les vaccins à germes vivants atténués, les risques d'effets secondaires, bien que probablement peu importants, apparaissent supérieurs au risque de moindre efficacité et justifient leur contre-indication, et ce, d'autant plus que l'immuno-dépression est profonde. Pour les vaccins à germes tués, les complications post-vaccinales ne sont pas à craindre. Le problème est celui d'une efficacité vaccinale diminuée, ce qui pourrait justifier une modification des schémas vaccinaux avec augmentation des doses ou du nombre des injections. Ces modifications ne sont, en fait, que rarement validées et ne peuvent pas faire actuellement l'objet de recommandations, notamment dans le cadre de l'infection par le VIH. Dans ce dernier cas, le risque encore discuté d'une possible augmentation de la charge virale, décrite essentiellement avec le vaccin anti-grippal, doit être également pris en compte. Dans les pays en développement, le haut niveau de prévalence des maladies cibles (rougeole, poliomyélite, tuberculose...) et la rareté des complications post-vaccinales justifient que certains vaccins à germes vivants atténués soient utilisés chez les enfants infectés par VIH.