Les cellules de Kupffer occupent une position stratégique dans les sinusoïdes hépatiques. Elles sont responsables de la quasi-totalité de la clairance des particules étrangères à l'organisme notamment de celle des virus et jouent un rôle important dans la pathogénèse, puisque la nature de leur interaction avec les virus est un déterminant majeur de la virémie. Elles peuvent en effet, soit protéger l'organisme en captant le virus, en le dégradant et en présentant l'antigène aux lymphocytes, soit aggraver l'infection lorsqu'elles sont le siège d'une infection permissive en participant à la dissémination du virus. Les cellules de Kupffer exercent une activité antivirale sur les cellules voisines lorsqu'elles sont activées ou lorsqu'elles produisent de l'interféron α et jouent un rôle dans la réponse inflammatoire en synthétisant de nombreux médiateurs. Leur destruction ainsi que l'altération de leurs propriétés fonctionnelles a des répercussions physiopathologiques graves.