L'activité phosphatase alcaline (ALP) (EC : 3.1.3.1) de deux peuplements quasi monospécifiques dominés par Microcystis aeruginosa (cyanobactérie) et Synedra capitata (diatomée) a été étudiée. Elle présente dans les deux cas une périodicité nycthémérale mais avec des caractéristiques propres à chaque espèce. Dans des conditions expérimentales rigoureusement identiques, l'ALP est en moyenne 33 fois plus élevée chez les cyanobactéries que chez les diatomées. Microcystis aeruginosa présente donc une plus grande capacité de minéralisation du phosphore organique par unité de biomasse. En conditions LD (16:8), les diatomées possèdent une activité enzymatique maximale pendant le jour (de l'ordre de 0,12 μmol pNPP/mn/mg) alors que celle des cyanobactéries est maximale au début de la nuit (de l'ordre de 3,5 pmol pNPP/mn/mg). On constate également que l'ALP moyenne de Synedra capitata est maximale (0,12 μmol pNPP/mn/mg) en obscurité permanente (DD) contrairement à celle de Microcystis aeruginosa qui atteint une valeur optimale (de l'ordre de 3,58 μmol pNPP/mn/mg) en éclairement permanent (LL). Ces différences importantes de comportement enzymatique entre Microcystis aeruginosa et Synedra capitata pourraient expliquer en partie les alternances entre les algues et les cyanobactéries observées dans les peuplements planctoniques de plusieurs lacs de retenue comme celui de Grangent (Loire).