Le modèle d'effet se définit comme la relation, simple ou complexe que suit le risque dans le groupe traité lorsque varie celui dans le groupe contrôle. Les techniques statistiques de méta-analyse standard se basent sur des modèles d'effet simples. Leur utilisation peut induire des résultats erronés ou incomplets en cas de réalité plus complexe. Dans ce cas il est nécessaire de recourir à des modèles d'effet plus adaptés, comme le modèle linéaire complet. Le recours à ce type de modèle fait apparaître qu'un traitement peut être à la fois bénéfique et délétère, ceci en fonction du risque de base. A partir de cette constatation, il convient d'être prudent lors de l'utilisation d'un modèle simple en méta-analyse au risque de noyer une information intéressante dans la synthèse.