Toute variation de séquence observée dans un gène responsable de maladie peut être la cause de cette affection ou seulement un polymorphisme rare. Lorsque cette variation est une mutation faux-sens, il est habituel de la rechercher dans une population comparable et de conclure qu'elle est probablement pathogène si elle est observée une ou plusieurs fois dans un groupe de malades et jamais dans le groupe de référence. Qu'elle est la probabilité qu'il s'agisse vraiment d'une mutation? L'intervalle de confiance de la fréquence d'un variant non retrouvé chez n chromosomes étudiés est compris entre 0 et 1-ⁿ⁺¹√0.05. En pratique, la borne supérieure de cet intervalle peut être remplacée sans inconvénient par l'approximation 3/n. S'il est facile d'estimer la fréquence d'une variation de séquence dans une population de référence, il est bien plus difficile de calculer précisément la probabilité que cette variation de séquence soit la cause de la maladie. Le calcul de la probabilité exacte n'aurait de sens que si nous connaissions tous les paramètres propres au gène et aux familles de malades. Lorsque l'échantillon de référence n'est pas biaisé, la probabilité qu'un polymorphisme soit par hasard observé seulement chez les malades se calcule cependant sans difficulté.