La microscopie électronique permet de déterminer les variations locales de conformation de l'ADN, intrinsèques ou induites par des ligands, le long de molécules isolées. La microscopie électronique possède la propriété unique de pouvoir accéder aux comportements moyens des molécules à partir d'observations individuelles, rendant ainsi mieux compte de la variabilité au sein d'une population de molécules. Parallèlement aux techniques traditionnelles d'étalement de l'ADN sur film support, des résultats extrêmement encourageants ont été récemment obtenus en cryomicroscopie électronique et en microscopie en champ proche (en particulier la microscopie à force atomique). Les différences dans les conditions de préparation des échantillons et dans les modes de formation des images rendent ces 3 types de microscopie complémentaires. Les contraintes de torsion d'un ADN, associées à une courbure locale induite par la protéine MC1 d'archaebactérie, peuvent être mises en évidence avec des mini-cercles de 207 paires de bases.