Actuellement, la plupart des méta-analyses réalisées portent exclusivement sur des données publiées, cependant certaines d'entre elles portent sur les données individuelles des essais publiés et non publiés. Cette dernière méthode est la méthode de référence, mais elle est longue et coûteuse. La qualité des méta-analyses est très variable, ce qui explique en partie les critiques dont cette méthode est l'objet. La Collaboration Cochrane intervient, ou pourrait intervenir, dans les domaines suivants : promotion des registres d'essais et de méta-analyses, recherche méthodologique concernant la métaanalyse, amélioration de la recherche des essais publiés ou non, stockage des données et pertinence des informations publiées sur les essais, amélioration de la qualité des méta-analyses, et diffusion de leurs résultats. La Collaboration Cochrane devrait ainsi permettre la réalisation de méta-analyses de meilleure qualité, plus rapides, moins chères, régulièrement actualisées et largement diffusées.