Chez les patients porteurs de virus C, l'étude histopathologique de la biopsie de foie reste un examen indispensable pour le diagnostic d'hépatite chronique ; elle permet d'évaluer les deux lésions fondamentales de la maladie : agressivité et fibrose. Au cours des traitements antiviraux, la biopsie est seule capable de préciser l'état du foie, dans l'attente de tests sériques performants. L'application de techniques de biologie moléculaire sur coupe pour la détection du génome viral s'avère de grand intérêt pour juger de l'évolution de la maladie et comprendre sa physiopathologie. Ces méthodes sensibles vont compenser l'absence de signes histologiques pathognomoniques de la présence du virus C dans le foie.