Le virus de l'hépatite C (VHC) a été découvert en 1989 et a été rendu responsable de la majorité des hépatites non A non B post transfusionnelles et des hépatites chroniques pour lesquelles aucune autre étiologie n'était retrouvée. Il serait également responsable de la survenue de la plupart des carcinomes hépatocellulaires sur cirrhose. Il s'agit d'un virus enveloppé de 55 à 65 nm de diamètre qui a été récemment visualisé en microscopie électronique. Son génome est un ARN monocaténaire de polarité positive et appartient à la famille des Flaviviridae. Son organisation génomique est complexe. Il est caractérisé par une extrême variabilité. Plusieurs génotypes et sous-types ont été décrits, actuellement au nombre d'une cinquantaine dont la pathogénicité n'est pas encore bien connue. Les génotypes 1, 2 et 3 sont les plus fréquemment rencontrés en Europe et aux USA. Il est cependant bien établi que les patients infectés par le génotype 1 répondent moins bien à l'interféron. Il existe une région hypervariable du génome du VHC qui est responsable de l'existence, chez un même individu d'une variété de génomes viraux sensiblement différents appelés Quasi-espèces qui pourraient être un des mécanismes utilisé par le VC pour échapper à la réponse immunitaire et expliquer ainsi sa persistance. Le diagnostic virologique de l'infection par le VHC repose essentiellement sur la mise en évidence d'anticorps anti-VHC. La technique la plus utilisée est une technique ELISA. Dans certains cas (hépatite aiguë, test ELISA douteux, patients immunodéprimés) il est nécessaire de recourir à des techniques permettant la détection de l'ARN viral après amplification de gènes ou après amplification du signal d'hybridation pour affirmer le diagnostic d'infection par le VHC. Ces techniques lorsqu'elles permettent une quantification de la charge virale sont également utiles pour prédire la réponse à l'interféron ; en effet les patients ayant une virémie faible répondent mieux au traitement. Elles seront également utiles dans l'avenir pour suivre l'efficacité des thérapeutiques anti-virales.