Helicobacter pylori est une bactérie à Gram négatif dont le seul réservoir est l'homme et la niche : l'estomac. La transmission interhumaine se ferait par les selles et/ou par voie buccale. Dans l'estomac, la bactérie se situe essentiellement au niveau du mucus et adhère aux cellules antrales qui sont sa cible privilégiée. Dans la muqueuse colonisée, H. pylori produit ou secrète différents produits délétères pour les cellules épithéliales : uréase qui hydrolyse l'urée en ammoniac, pouvant former des monochloramines cytotoxiques, différentes enzymes et une cytotoxine vacuolisante contribuent aussi au pouvoir pathogène. La réaction inflammatoire associée participe aussi certainement au processus lésionnel. Une conséquence importante est la maladie ulcéreuse et en particulier l'ulcère duodénal qui peut évoluer vers une lésion précancéreuse et à une moindre mesure, certains syndromes dyspeptiques. L'éradication bactérienne peut être obtenue en associant un antisecrétoire à un antibiotique. Les macrolides ont une bonne action sur cette bactérie. La CMI₅₀ de l'azithromycine est de 0,12 mg/l. Un effet bactéricide est mis en évidence à des concentrations supérieures ou égales à 0,1 mg/l. Les concentrations de l'azithromycine après une prise unique de 500 mg sont de 0,48 μg/g dans le mucus et de 4 μg/g dans le tissu gastrique. Les concentrations persistent très longtemps compte tenu de la longue demi-vie (3 j). Des essais cliniques pilotes ont été effectués, avec, lors d'une trithérapie associant l'azithromycine au métronidazole et à l'oméprazole, 80% d'éradication bactérienne. Ces bons résultats sont cependant à valider pour des essais cliniques plus larges.