Génotypage HLA-DQ par une technique modifiée de RFLP-PCR: application au gène HLA-DQA1.
Auteurs : Haras D1, Piperi MH, Cucchi-Mouillot PDepuis 1989, plusieurs méthodes de typage allélique du gène HLA-DQA1 par RFLP-PCR ont été publiées. Ces méthodes nécessitent la coupure totale des produits de PCR, particulièrement pour les hétérozygotes et l'observation de la taille de fragments de restriction spécifiques. La méthode de typage HLA-DQA1 par RFLP-PCR présentée ici nécessite seulement une étape d'amplification, la coupure du produit d'amplification par 8 enzymes de restriction et une électrophorèse en gel de polyacrylamide. La stratégie de typage consiste à répartir l'ensemble des génotypes homo- et hétérozygotes en 19 groupes de combinaisons d'allèles, sur l'observation de la coupure ou l'absence de coupure après action des enzymes ApaLI, HphI, BsaJI, FokI et MboII. L'attribution du génotype, dans chaque groupe de combinaison d'allèles, est due à l'observation de fragments de restriction de tailles spécifiques obtenus par l'action des enzymes MnlI, DdeI et RsaI. Nous pouvons ainsi discriminer 8 des 13 allèles HLA-DQA1, soit 36 des 91 génotypes possibles. Quatre à 8 génotypes peuvent ainsi être attribués par jour, l'extraction d'ADN incluse. La stratégie développée a l'avantage de permettre un contrôle interne de l'activité des endonucléases et de prendre en compte de nouveaux allèles sans modifier le protocole expérimental. Enfin, ce protocole peut être facilement mis en place dans un laboratoire de routine sans acquisition de matériels ou de réactifs spécifiques.