L'établissement de la flore bactérienne chez le nouveau-né résulte d'un tri spécifique exercé par le tube digestif à l'égard des multiples bactéries qui peuvent y transiter, en provenance de la mère ou de l'environnement. Chez les enfants allaités par leur mère, Eschrerichia coli et streptocoques apparaissent les premiers, suivis dans une majorité de cas mais pas toujours par une population de Bifidobacterium qui devient rapidement dominante. Chez les enfants nourris artificiellement, la flore est plus variable, et comprend souvent, à côté des groupes précédents, d'autres entérobactéries et des bactéries anaérobies strictes plus variées.