La flore intestinale représente une masse bactérienne considérable de 10¹⁴ cellules accompagnant l'individu pas à pas depuis la naissance jusqu'à la mort. Elle établit des relations multiples avec l'hôte qui l'abrite et constitue un écosystème complexe, en équilibre dynamique, dont la stabilité est maintenue en place grâce à des interactions partiellement connues. L'acidité gastrique, le péristaltisme, le système immunitaire participent à cette stabilité. Mais cet écosystème est constamment sollicité par le milieu extérieur, qu'il s'agisse de bactéries exogènes ingérées en permanence ou de substances alimentaires. Cette lutte contre l'infection est un des éléments clefs du rôle de l'écosystème.