La pouchite est manifestement une maladie associée car elle complique plus fréquemment les anastomoses iléo-anales avec réservoir au cours des rectocolites ulcéro-hémorragiques que les polyposes adénomateuses familiales. De plus, les manifestations extra-intestinales de la colite ulcéreuse peuvent flamber au décours de la pouchite et les macrophages RFD9 + caractéristiques de la colite ulcéreuse sont plus nombreux dans la muqueuse du réservoir au moment d'une pouchite qu'en son absence. Néanmoins, les facteurs locaux ont un rôle. Certains, comme les bactéries et les sels biliaires non sulfates aggravent la pouchite tandis que d'autres, tels la glutamine, les acides gras à chaînes courtes et peut-être le calcium semblent améliorer les symptômes de la «pouchite».