La proctocolectomie avec anastomose iléo-anale est susceptible d'entraîner des modifications de la fonction sexuelle du fait de la dissection rectale et de la création d'un réservoir iléal pelvien. L'analyse de 1400 cas d'anastomoses iléo-anales réalisées à la Mayo Clinic depuis 1981 montrait cependant que, chez l'homme comme chez la femme, la fonction sexuelle était significativement améliorée par l'intervention. Chez l'homme, une impuissance complète était notée chez 1,5% des patients et des éjaculations rétrogrades dans 2 % des cas. Chez la femme, les dyspareunies étaient moins fréquentes après l'intervention. Des grossesses étaient possibles après anastomose iléo-anale et ne modifiaient la fonction intestinale que de façon transitoire, le type d'accouchement (césarienne ou voie basse) n'avait pas d'influence sur la fréquence des selles ou la continence.