Introduction. L'identification microbiologique d'une onychomycose est toujours sujette à un doute, car certains champignons présents à la culture ne sont pas nécessairement pathogènes et invasifs. A l'opposé, la négativité d'une culture est relativement fréquente, même lorsque des champignons sont révélés à l'examen microscopique. Matériel et méthodes. Nous avons comparé, dans le cadre des onychomycoses, l'information apportée par l'examen histologique standard, l'immunohistochimie et la microscopie confocale in vivo. Resultats. L'examen anatomopathologique de l'ongle revêt une importance toute particulière. Nous présentons une technique de laboratoire facile et rapide et nous rapportons des critères de diagnostic permettant de reconnaître des dermatophytes, des levures, et des moisissures non dermatophytiques.