La greffe fécale a montré dans un essai randomisé sa supériorité par rapport aux antibiotiques dans les infections récurrentes à Clostridium difficile (CD). Proposée en traitement de première intention, elle a permis de réduire la mortalité des infections à CD de ribotype 027 ainsi que de guérir des patients atteints de formes graves d’infections à CD d’autres ribotypes. La congélation du microbiote, désormais validée, permet de faciliter sa pratique et des essais utilisant des gélules de microbiote congelé ont démontré leur efficacité. D’autres indications telles que la décolonisation digestive des bactéries multirésistantes sont émergentes et la meilleure connaissance du microbiote digestif permettra de proposer des thérapeutiques ciblées dans de nombreuses indications.