De nos jours, l’obtention du profil des acides aminés physiologiques repose essentiellement sur la chromatographie par échange d’ions (IEC) couplée à une dérivatisation post-colonne à la ninhydrine et une détection UV sur 2 longueurs d’onde. Malheureusement, cette technique présente divers inconvénients tels qu’un temps d’analyse relativement long, un volume de prise d’essai conséquent et des coûts spécifiques liés à la maintenance de l’appareillage dédié. Ces raisons nous ont conduits à envisager un transfert technologique vers une approche par spectrométrie de masse. Pour ces différentes raisons, la quantification des acides aminés a été réalisée par LC-MS. Nous avons testé le kit aTRAQ pour acides aminés phyisiologiques (AB Sciex), qui quantifie de façon sélective plus de 40 acides aminés, et nous avons implémenté l’acquisition de divers paramètres originaux à la méthode initiale. Les profils d’exactitude établis pour chaque acide aminé démontrent que les résultats obtenus sont identiques et reproductibles. En effet, la comparaison des résultats avec la méthode IEC a montré une bonne concordance entre ces deux techniques. Les intervalles de référence établis sont similaires à ceux définis pour la méthode IEC et les patients atteints d’erreurs innées du métabolisme ont été correctement identifiés. L’approche présentée offre une alternative valide à la méthode IEC avec plusieurs avantages : un volume d’échantillon réduit, un temps d’analyse diminué et une spécificité accrue. Toutefois, la méthode aTRAQ requiert une révision minutieuse des pics chromatographiques, ce processus allongeant considérablement le temps global de la procédure. En conclusion, les considérations financières et pratiques relatives aux deux techniques doivent être contrebalancées avant d’initier une quelconque transition méthodologique.