Au moment du diagnostic, les lésions de la maladie de Crohn peuvent toucher tous les segments du tube digestif, mais le plus souvent l'iléon et/ou le côlon. Des lésions ano-périnéales existent déjà une fois sur cinq. Avec le temps, les lésions iléales évoluent presque constamment vers la constitution de sténoses, et environ une fois sur deux vers des lésions pénétrantes (fistules et abcès). Les lésions coliques restent purement inflammatoires deux fois sur trois. Les lésions de rectocolite hémorragique touchent au moins le rectum mais peuvent s'étendre à tout le côlon de façon continue. Au diagnostic, les lésions sont rectales, coliques gauches et coliques étendues dans des proportions équilibrées. Les lésions s'étendent secondairement environ une fois sur deux sur 20 ans. Le risque de résection intestinale à 10 ans dans la maladie de Crohn est de 40 à 50 %. Le risque de colectomie au cours de la rectocolite hémorragique est d'environ 1 % par an. Les lésions inflammatoires coliques anciennes et étendues de maladie de Crohn et rectocolite hémorragique peuvent se compliquer de dysplasie et de cancer. Ce risque concerne également les lésions inflammatoires iléales anciennes de maladie de Crohn.