Alors que la génomique est parfois présentée comme un domaine de recherche dont les résultats passent rapidement dans les pratiques cliniques, la réalité est plus contrastée. Pour illustrer certaines des difficultés rencontrées, cet article s’intéresse aux applications des résultats obtenus par les études d’association sur tout le génome (GWAS, genome-wide association studies). Après avoir brièvement replacé les GWAS dans leur contexte scientifique, nous illustrons ces études par deux exemples emblématiques. Le cas de la maladie de Crohn permet de souligner les limites des résultats des GWAS en matière de prédiction individuelle de risque. Le cas de la warfarine met en lumière les difficultés à démontrer l’utilité clinique d’un recours aux données génétiques dans les décisions thérapeutiques. L’article insiste sur la simplification des modèles causatifs de maladie sous-tendant la méthodologie des GWAS. Fécond pour une démarche exploratoire de recherche, ce réductionnisme, confronté à son utilisation clinique, montre ses limites.