La génétique a pour but de mieux comprendre la physiopathologie de la migraine en identifiant des gènes codant des protéines clés. Les premiers résultats ont été obtenus dans la migraine hémiplégique familiale, variété rare et autosomique dominante de migraine avec aura. Les trois premiers gènes codent des transporteurs ioniques ; leurs mutations facilitent la dépression corticale envahissante et entraînent probablement une hyperexcitabilité corticale avec excès de transmission glutamatergique. Un quatrième gène code une protéine régulatrice associée au complexe d’exocytose. Dans les formes plus habituelles de migraine, des facteurs génétiques complexes interagissent avec de nombreux facteurs environnementaux, l’héritabilité étant proche de 50 %. Trois larges études d’association pangénomique ont récemment identifié six variants génétiques dont chacun contribue modestement au risque de migraine. Trois de ces polymorphismes concernent des gènes impliqués dans l’homéostasie du glutamate. Un autre polymorphisme est situé dans un gène impliqué dans la nociception. Trois des variants identifiés sont associés aussi bien à la migraine sans aura qu’à la migraine avec aura, supportant l’existence de mécanismes communs à toutes les variétés de migraine. Le futur est aux études d’association pangénomique sur des cohortes encore plus larges et mieux phénotypées, ainsi qu’à l’utilisation du séquençage massif.