Situées en zone afrotropicale dans l'océan Indien, les îles qui constituent l'Union des Comores connaissent des progrès socio-sanitaires qui n'ont cependant pas permis d'éliminer les maladies tropicales. Le faciès épidémiologique reste dominé par les maladies transmissibles: paludisme, maladies diarrhéiques, maladies respiratoires, parasitoses digestives. L'archipel constitue la porte d'entrée dans le sud-ouest de l'océan Indien, de maladies à transmission vectorielle, ainsi que du choléra. La prévalence du sida est basse (0,025 %). L'Union des Comores est confrontée à une importante poussée de maladies non transmissibles. Les risques naturels (cyclones, inondations, éruptions volcaniques et tsunamis) font également peser leur menace.