Si le pronostic initial de l’atrésie de l’œsophage est actuellement excellent avec plus de 95 % de survie, les complications à court et plus long terme sont fréquentes. Un reflux gastro-œsophagien est présent dans 26 à 75 % des cas, qui peut être responsable d’œsophagite peptique, de sténose anastomotique et d’endobrachyœsophage, facteurs de risque d’adénocarcinome de l’œsophage. Une dysphagie est fréquemment observée chez ces patients, parfois plusieurs années après la correction chirurgicale, touchant jusqu’à 45 % des enfants à l’âge de 5 ans. Un retard de croissance est présent chez près d’un tiers des enfants à l’âge de 5 ans. Les complications oto-rhino-laryngologiques (ORL) et respiratoires sont également très fréquentes mais ont tendance à s’améliorer avec l’âge. Une trachéomalacie est présente chez 75 % des enfants à la naissance parfois responsable de complications graves (malaises/bradycardie). Les manifestations respiratoires sont dominées par la toux chronique, lewheezinget les infections respiratoires, rapportées chez 29 % des enfants suivis jusque l’âge de 5 ans. Un syndrome restrictif, obstructif et une hyperactivité bronchique peuvent être observés, le plus souvent modérés. Une déformation de la cage thoracique est rapportée chez 20 % des patients et une scoliose chez 10 % à 50 % des patients. Toutes ces complications peuvent retentir sur la qualité de vie des patients qui est modérément diminuée par rapport à des témoins. La fréquence de ces complications à distance de l’intervention initiale justifie un suivi systématique et multidisciplinaire jusqu’à l’âge adulte.