La première cause identifiée d'encéphalite infectieuse est le virus Herpes simplex 1, tous pays et toutes périodes confondus. La généralisation du traitement par l'aciclovir a permis de réduire spectaculairement la mortalité de l'encéphalite herpétique, mais les séquelles neurologiques restent fréquentes. Les bactéries sont également des causes d'encéphalite en France, en particulier Mycobacterium tuberculosis et Listeria monocytogenes, et devraient être considérées dans la prise en charge initiale des patients atteints d'encéphalite. Des encéphalites limbiques à auto-anticorps et les encéphalomyélites aiguës disséminées peuvent avoir une présentation évocatrice d'encéphalite virale. Elles doivent être évoquées dans le diagnostic différentiel des encéphalites.