Les cils et les flagelles des eucaryotes exercent desfonctions motiles et sensorielles qui sont essentielles pour lasurvie des protozoaires et pour le développement et l’homéostasiedes métazoaires. Leur ultrastructure a été étudiée dès les débutsde la microscopie électronique et ces études continuent à contribuerà nos connaissances en biologie ciliaire. En particulier, les progrèsaccomplis dans la visualisation des structures cellulaires au coursde la dernière décennie ont permis d’affiner la connaissance de l’ultrastructure des cils et des flagelles. Dans cette revue, aprèsavoir abordé brièvement les structures typiques d’un axonème 9+2,nous détaillons des sous-domaines comme la zone de transition, lazone des singlets, le collier, la coiffe et la couronne ciliaire.Dans cette partie seront explorées les relations structure-fonctiontelles que l’association de la zone des singlets à des fonctionssensorielles ou motiles, le rapport entre coiffe et dynamique desmicrotubules et battement ciliaire, l’implication de la couronneciliaire dans le mouvement de l’ovocyte et du mucus et enfin larelation de la zone de transition et du collier ciliaire dans lastabilisation axonémale et l’autotomie ainsi que sa fonction de barrièrede diffusion.