La différenciation de l'ovaire a été considérée pendant plusieurs décennies comme un processus passif, se mettant en place par défaut. Le développement d'outils génétiques permettant l'invalidation de gènes chez la souris, d'approches transcriptomiques haut-débit ainsi que l'étude de modèles animaux pertinents a montré que la différenciation des gonades est un processus dynamique dans les deux sexes et a permis d'identifier des acteurs clés de la différenciation ovarienne. La détermination des cellules somatiques de l'ovaire est sous le contrôle de deux voies majeures, l'une régulée par le facteur de transcription FOXL2 avec ou sans les oestrogènes selon les espèces, et celle de la voie β-caténine (Rspo1, Wnt4, β-caténine). Ces deux cascades géniques agissent simultanément sur l'activation de la voie femelle et l'inactivation de la voie mâle. À l'inverse, la différenciation sexuelle des cellules germinales ne résulte pas uniquement du contenu chromosomique de la cellule (XX femelle et XY mâle). Elle est le résultat de l'environnement des gonocytes dans l'ébauche gonadique. Très tôt, les gonocytes femelles vont se multiplier par mitose puis s'engager dans la méiose (prophase I). Suivra la formation des follicules primordiaux, étape cruciale de la vie reproductive femelle car elle constitue la réserve ovarienne. Les connaissances sur les facteurs qui participent à ces processus moléculaires ont beaucoup progressé au cours des dix dernières années et seront présentées dans cette revue.