La schizophrénie est une maladie complexe dont la composante héréditaire est bien établie. Cependant, le substrat biologique de cette hérédité n’est pas défini et les approches moléculaires n’ont pas apporté de conclusion définitive. La définition d’endophénotype de la maladie permet de réduire la complexité du trouble et de trouver des gènes dont les polymorphismes pourraient être responsables de variations dans l’expression phénotypique et finalement dans la vulnérabilité au trouble. Les troubles cognitifs peuvent être de bon endophénotypes de la schizophrénie. Plusieurs études ont démontré par exemple que la mémoire de travail ou certaines fonctions exécutives étaient influencées par le polymorphisme val¹⁵⁸/met deCOMT. De nombreux endophénotypes cognitifs ont ainsi été proposés avec différentes hypothèses moléculaires associées. Certaines études ont démontré des interactions épistatiques soulignant la complexité moléculaire sous-jacente. Des études d’association pan-génomique et plusieurs méta-analyses apportent des conclusions contradictoires. Finalement, l’étude des endophénotypes permet des démonstrations intéressantes des mécanismes biologiques qui sous-tendent la vulnérabilité à la schizophrénie. Elle est d’un autre côté limitée par le manque de reproductibilité des résultats, l’existence de résultats discordants entre les populations de sujets sains et les patients souffrant de schizophrénie, et la non prise en compte des variants génétiques rares.