Objectif, La promotion de l'hygiène et l'assainissement de l'environnement en milieu scolaire participent à l'amélioration de la santé dans la population. L'objectif de notre étude était, de démontrer à l'aide d'indicateurs physicochimiques et biologiques l'impact de ces mesures sur la santé des enfants en milieu scolaire dans le département des Collines au Bénin. Matériels et méthodes. L'étude s'est déroulée du 28 septembre au 30 décembre 2007. Trois écoles primaires ont été choisies. Un choix exhaustif des écoliers bénéficiant du programme et un tirage aléatoire simple ont permis d'inclure 210 écoliers (100 garçons et 110 filles). L'analyse physico-chimique et bactériologique de l'eau distribuée dans les écoles, une enquête sur l'état clinique et le dépistage du portage manuel de microorganismes pathogènes chez les écoliers ont permis d'apprécier le niveau d'hygiène dans les écoles. Par observation directe lors de visites, nous avons évalué les infrastructures sanitaires existantes. Résultats. Le dépistage a identifié 74% des écoliers porteurs d'au moins un microorganisme pathogène. Les diarrhées sont observées chez 30% des écoliers, les ostéomyélites et les dystrophies dentaires touchent respectivement 15 % et 25 % des écoliers. L'analyse de l'eau dans les trois écoles a révélé une teneur moyenne en fluor de 3,5 mg/L, 15 mg/L de nitrates et une contamination par des bactéries d'origine fécale, notamment lors du stockage. Conclusion. Cette étude a révélé un fort taux de portage manuel de microorganismes pathogènes et leur présence dans l'eau. La formation du personnel enseignant sur les normes et les protocoles en matière d'éducation sanitaire de même qu'une supervision s'avèrent nécessaires pour relever le niveau des compétences ainsi que l'observance des mesures d'hygiène.