Au Burkina Faso, le nombre d'enfants infectés par le VIH est estimé à 10 000 dont environ 1/4 est sous trithérapie antirétrovirale. Depuis juillet 2003, la prise en charge par les ARV a débuté au Centre Hospitalier Universitaire Pédiatrique Charles de Gaulle (CHUP-CDG) et 250 enfants en bénéficiaient en fin 2007. Afin d'étudier les échecs thérapeutiques avec les antirétroviraux (ARV) de première ligne et particulièrement leurs causes, nous avons mené une étude rétrospective cas-témoins sur une période de 54 mois allant de juillet 2003 à décembre 2007. Les cas (n = 32) étaient constitués par tous les patients en échec thérapeutique, défini par une mauvaise réponse virologique et/ou immunologique et/ou clinique au traitement antirétroviral. Les témoins (n = 160) étaient représentés par les patients en succès thérapeutique. Le taux d'échec thérapeutique était de 12,8 %. Le bas niveau socio-économique (OR = 3), le statut d'orphelin (OR = 4), l'âge supérieur à 10 ans (OR = 5), le sexe masculin (OR = 3), la charge virale initiale supérieure ou égale à 1 000 000 copies/mL (OR = 9) et la mauvaise observance du traitement (OR = 37) étaient significativement associés au risque d'échec thérapeutique. Une létalité de 25 % a été observée chez les enfants en échec thérapeutique avec les ARV de première ligne du fait de la non disponibilité d'ARV de seconde ligne au niveau national. Cette étude montre la nécessité de renforcer l'observance du traitement de première ligne à travers un programme d'éducation thérapeutique des patients, ainsi que, pour les centres de référence de prise en charge de l'enfant infecté par le VIH, de mettre à disposition des prescripteurs des ARV de deuxième ligne et la possibilité de faire un génotypage en cas d'échec du traitement.