L'hépatite aiguë B évolue vers une hépatite chronique dans 90 % des cas chez le nouveau-né, 50 % chez l'enfant, et 5 à 10 % chez l'adulte. Au stade chronique, il existe 4 phases: l'immunotolérance où l'antigène HBe est positif, les transaminases normales, la réplication virale forte et les lésions histologiques absentes ou minimes; puis la phase de rupture de tolérance marquée par une réplication virale fluctuante associée à une élévation des transaminases, une séroconversion HBe et des lésions histologiques d'hépatite chronique. On distingue donc l'hépatite chronique B à antigène HBe positif, dite à « virus sauvage », et l'hépatite chronique B à antigène HBe négatif, dite à « virus mutant », qui est la plus fréquente en France. C'est à cette phase d'hépatite chronique que le traitement est envisagé. La 3^e phase dite d'inactivation ou de portage chronique inactif, correspond à un arrêt progressif de la multiplication virale avec normalisation des transaminases et absence d'activité histologique. Il peut exister une 4^e phase marquée par des épisodes de réactivation virale. L'hépatite virale C évolue vers la chronicité dans deux tiers à trois quarts des cas. Les facteurs associés à la progression de la maladie sont l'âge au moment de la contamination, le sexe masculin, la consommation d'alcool, la co-infection par le VIH, et les facteurs métaboliques, en particulier la stéatose. Ces facteurs accélèrent la progression de la maladie et le risque d'évolution vers la cirrhose et le carcinome hépatocellulaire.