Il existe des marqueurs du risque de présence du cancer de la prostate ou de son agressivité. Les performances du PSA sérique sont améliorées par la prise en compte de données temporelles ou cliniques lors de son interprétation. Le concept index phi (Prostate Health Index) intègre dans un algorithme plus performant les dosages sériques du PSA total, du PSA libre, et du pro-PSA. En le rapportant au PSA urinaire, le dosage urinaire du PCA3 détermine un ratio utilisable comme marqueur de risque pour des situations diagnostiques difficiles. La découverte des gènes de fusion du cancer de la prostate sont prometteurs à la fois comme marqueur, et comme cible thérapeutique potentielle. Le coût de ces nouveaux marqueurs limite leur utilisation actuelle à des situations individuelles.